上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出广泛性的怪物几丁质酶，包含抗恶性肿瘤和抵抗疾病毒使用。大部分，三萜是完成甲羟戊酸路径自动合成的，并从自然常绿植物和念珠菌中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述小作文。该论述表明三萜类类化合物野生灵芝粉酸（GA）是凭借夜体激发的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转换引发了的。确认转录组和蛋清质组学枝术进那步探寻无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT引发了两大类灵芝粉粉酸（GA）的机制化，并选择两组学枝术查重到的相互影响基因遗传和相互影响蛋清，预测未来DHT 怪物转化成 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和作用等级分类

依据对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体来进行转录组测序共能够 67230个转录本和14294个单dna。在此类单dna中，49多个被司法鉴定为一定的差异表述dna（DEGs），但里面213个表述上涨，279个表述变动（图1A）。GO聚集定性分折后，DEGs氛围海洋生物操作流程中中（BP）、癌内部化学物质（CC）和大分子职能（MF）3类。在BP分类中，出来了前这几个子分类：抗菌药分离分泌率操作流程中中，冰醋酸盐分泌率操作流程中中和甲酸盐分泌率操作流程中中 ;而在CC分类中，癌内部外区、突触混合体、突触构成是前这几个亚类。针对于MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）灵活性酶类酶类、脱色备份酶灵活性酶类酶类和酸氨（或酰胺）连接方式酶灵活性酶类酶类是前这几个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路定性分折中，前30条聚集度最多的径路有27条专属分泌率，但里面甲烷气体分泌率、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌率、丙酸盐分泌率卫星信号径路相关性聚集（图1D）。

图1|转录成分析和技能类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经过对无柄野生灵芝细菌菌丝体完成球核淀粉酶组学采取了解，总计有决定了16,457种独具特色肽、2606种球核淀粉酶和2588种定量了解球核淀粉酶。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰的条件下，你不在2606种球核淀粉酶中，94种被签定为区别传达球核淀粉酶（DEPs），各举52种上浮，42种上涨（图2A），图2C体现了区别传达球核淀粉酶的聚类了解法采取了解热图。从GO采取了解来看看，BP种类体现，绝对多数是数DEPs参与进来冰醋酸盐排泄整个步骤、抗菌素拆分排泄整个步骤和类药拆分排泄整个步骤。CC类DEPs在受损細胞外区、过防非金属防氧化物酶体和微体中占有率最底，防防氧化展现酶灵活力和甲酸脱氢酶（NAD）灵活力在MF类中DEPs的基数最底（图2B）。与转录组最终相类似，KEGG通道采取了解体现，越来越多DEPs在排泄中含有，各举3条最含有的路经是光合海洋生物体中的碳调整、碳排泄和MAPK讯号通道（图2D）。还有，经过采取了解GO数据库视图库的CC对DEPs完成亚受损細胞市场定位采取了解和引用（图2E），DEPs通常占比在受损細胞质（40.66%）、受损細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs海洋生物体结合的通常座位。

图2|血清质组的降钙素原检测概述和能力查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物还原成和差表组备选DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个的差异把你想表达出来出来染色体（图3A）。对转录组和核球蛋清质含量含量组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs使用聚类研究探讨研究探讨，找到mRNA和核球蛋清质含量含量区间内有12个上涨染色体和2个下降染色体，DEGs与它翻译资料的DEPs把你想表达出来出来级别呈正各种涉及，体系结构Pearson的各种涉及数值研究探讨，在转录组和核球蛋清质含量含量组区间内查测到相对应较高的各种涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测结杲彰显，E组和C组1俩DEGs的表答方法平行不同之处同质性，这其中9个为调涨DEGs，俩为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答方法态势与转录成分析结杲完全一致。

图3|球蛋白质含量组的定量阐述阐述和用途认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）