在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

科研后果

1、从光敏致力于组织中提炼DNA化学交联蛋清质

为了让添加光化学热塑核苷酸质-DNA软型物使用LC-MS了解，小说家建设了了种性变纯化策划方案，可从DNA中去否则化学热塑核苷酸质，仅在强光照时能够马上遗传基因组了解丰度DNA化学热塑核苷酸质。用TRIZOL添加上色质并清理被抓获的非化学热塑核苷酸，第二将其二次溶解性以确定RNase转化。能够高周波裁取个人所得核苷酸质化学热塑DNA的添加物，在硫氰酸胍中烧沸性变，并在二防氧化硅离心力柱上轻微洗滌以去否则化学热塑核苷酸质就此顺利完成。能够核酸酶工作从DNA中尽情释放光化学热塑核苷酸，并确定胰核苷酸酶转化使用LC-MS了解。该方式方法称为核苷酸质化学热塑DNA添加或XDNAX。

图1.蛋清质热塑DNA提现或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可单独接触性DNA的蛋清质图谱

将光交连手段使用于MCF7肿瘤体细胞，发现了了1,805种备选血清酶，中间1,191种存有于3个或一些次多次中。60%的DNA主动意义组中带核酸相结合在一起的GO批注，在没有核酸相结合在一起批注的血清酶质中，明显的影响力原于核纤层血清酶，二、是参与到复染质企业和肿瘤体细胞裂开的血清酶质（图2）。

图2 . 可可以直接接触到 DNA 的氨基酸质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3个人总结了DNA间接的功效组所潜在的血清质-DNA用户界面名词解释含盖的核苷酸交连肽。这其中包括主要是因为（1）球状DNA紧密联系形式域、（2）DNA 紧密联系无章区（IDR）和（3）主要是因为与另一个血清质（诸如组血清紧密联系血清）、RNA（诸如剪接指数）或相破乳区室（诸如核仁血清）间接的功效而引致的生态环境取决于。

图3 . 可真接碰触 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析内部扰动时期与DNA联系的转录细胞因子

雌缴素肾上腺素受体α（ESR1）驻进到胞质溶胶中，到遭到其配体，勾起易位到血神经元质，在哪点它与基因组组中的既定区域划分结合实际以更改密码既定的转录步骤。将血清饥饿的MCF7血神经元表露于高含水量雌缴素（10 nM 17β-雌二醇）4两分钟的时间，与虚拟仿真清理的相较更加血神经元更加这句话的DNA上下级反应组（图4A）。表中，雌缴素的刺激后DNA上下级反应组中的ESR1增高了30倍（图4B）。总的而言，在1,814个化学发光法的球营养素-DNA上下级反应中，约有9%表明出高于2倍的相关系数的变化，并了解到与ESR1具有着上下级反应的球蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙加工甲状腺癌細胞 DNA 完美反应组的定量分析十分（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

研发打开DNA组组的核营养素以明白它是怎样被获取并付诸实际 的，老是是成果转化的人员1个长久的追逐。DNA组组可及性主要的以DNA为中的立场参与研发，殊不知，到近几年到止，着色质凝胶的用处中的哪些方面核营养素与DNA 产生物理性彼此用处尚不很明白。用零的距离光交连，可会发现DNA彼此用处组中的大普遍数核营养素，XDNAX技術将看作核营养素-DNA彼此用处研发的专业APP。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的球胆固醇组学、修饰语组学、分解代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取文献资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.